Монастырь Трех источников расположен на возможном месте мученичества апостола Павла. Когда-то это место (где сейчас находится один из самых строгих католических монастырей – трапистов) находилось далеко за стенами Вечного Города. Теперь сюда несложно дойти с конечной станции метро.
Историю этого места можно узнать в церкви Сан-Паоло-алле-Тре-Фонтане. По преданию, отсеченная голова апостола трижды ударилась о землю и в местах ударов чудесным образом забили три источника (tre fontane). В этом же месте казнен за исповедание Христа трибун Зенон и более 10 000 римских солдат, его последователей.
Результаты раскопок указывают, что первые строения - небольшой храм и ряд других зданий - относятся к VI веку. Также и письменные свидетельства указывают о середине VI века как о времени возникновения в Акви Сальви (так в античные времена называлась эта долина) первого монастыря, посвященному мученичеству Павла.
Основал монастырь экзарх Нарсес и первым его заселили греческие монахи, к которым в VII веке присоединились армянские, бежавшие из захваченной арабами Киликии. Далее монастырь несколько раз менял владельцев, попеременно со стадиями запустения и упадка. В XI веке сюда в целью восстановления, поселились монахи-бенедектинцы, но продержались недолго, чуть более века. Одной из причин этого считается нездоровый климат, в Средневековье окрестности оказались заболоченными и, как следствие, распостранилась малярия. Монастырь передали цистерианцам, при которых в XIV монастырь пережил расцвет - заново были отстроены две церкви и основано пять "дочерних" обителей.