В городе Ортона с 1258 года покоятся мощи апостола Фомы, известного многим из библейского повествования как «Фома неверующий».
До того церковь св. Фомы была больше известна как Санта-Мария-дельи-Анджели (святой Марии Ангельской) и была освящена 10 ноября 1127 года. Церковь пострадала во время землетрясения и была восстановлена в архитектурном стиле, который в то время господствовал в южных областях Апеннинского полуострова. 17 февраля 1427 года в этом храме был торжественно провозглашен мир между городами Ланчано и Ортона при посредничестве Святого Иоанна из Капистрано. Здание пострадало от огня, когда летом 1566 года турецкие войска Пиале Паши пытались поджечь Ортону. По преданию город спас от пожара Святой Апостол Фома. Четыре года спустя храм, освященный в честь него, был возведен в ранг собора.
Святой Апостол Фома был из числа Двенадцати ближайших учеников Христа. Наиболее известным является эпизод встречи апостола Фомы с воскресшим Христом, когда он проявил сомнения в истинности свершившегося чуда воскресения Иисуса и затем уверовал. Он проповедовал благую весть в Палестине, Месопотамии, Парфии, Эфиопии и Индии и основал там христианские Церкви.
Фасад был перестроен в 1947 году, после разрушенного нацистами фасада XVIII века. Также были разрушены половина купола и портик с девятью колоннами XIV века. Остался неизменным только портал эпохи вхождения этой области в Священную Римскую империю. Выходящий на площадь портал, созданный в 1311 году Никола Манчини, реконструировали после войны из руин. Из фресок купола кисти Лучано Батоли после разрушения базилики нацистами сохранилось лишь изображение святого Матфея Евангелиста. Остальные фрески реконструированы.
